Tras el éxito del MS-05 Zaku I, el primer traje móvil de combate de Zeon, la cúpula militar de Zeon ordenó a Zeonic continuar su desarrollo. En respuesta, Zeonic desarrolló un nuevo traje móvil basado en el diseño del MS-05. El prototipo de este traje móvil se lanzó en agosto de UC 0077. Originalmente concebido como un modelo mejorado del MS-05, este prototipo recibió el nuevo número de modelo MS-06A debido a su apariencia significativamente diferente y su rendimiento enormemente mejorado, lo que marcó el nacimiento del MS-06 Zaku II. Aunque el MS-06A fue rápidamente aprobado para producción en masa, Kycilia Zabi consideró que su completa falta de arma de combate cuerpo a cuerpo sería una debilidad en caso de que las Fuerzas de la Federación Terrestre desarrollaran sus propias armas móviles.